两者都是采自同一种茶树上面，在鲜叶的选择上面，正山小种采用茶树嫩芽的一芽一叶或者一芽两叶作为茶叶鲜叶的，而金骏眉必须选自茶树刚开芽的嫩叶，摘取芽头最鲜嫩的部位。
2.工艺区别
正山小种与金骏眉的制作工艺大体相同，经过研发人员的微创新，才有了现在的金骏眉，主要是在发酵以及熏制的过程中有所不同。金骏眉的制作工艺更加精进，正山小种则是采用传统的经典制作工艺。
3.外形区别
金骏眉外形细长，呈金、黄、黑三色相间，且以黑色为主，会带些金色的毫尖，会有果香又有花香，泡出来的汤色是金黄色；而正山小种的外表是紧结匀整，为黑褐色且油润，汤色是橙黄明亮的，会比金骏眉的汤色要浓。
4.味道区别
正山小种有一种浓浓的松烟味，也是桂圆香气;金骏眉经过处理，味道清淡浓香，相对于正山小种松烟味比较轻。
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