选育食用菌新品种10个。育成香菇、黄背木耳、双孢蘑菇、黑木耳、姬菇、灵芝、茯苓新品种各1个，产量较对照高10以上，品质与对照相当或优于对照。驯化羊肚菌、绣球菌、荷叶离褶菌等名贵野生食用菌新品种，育成新品种各1个，结合配套栽培技术，实现人工栽培或半人工栽培。
进行蔬菜（食用菌）新品种选育及配套高产、高效栽培技术研究，挖掘品种潜力，提高产量和品质。所有育成蔬菜（食用菌）新品种均要求提出配套栽培技术。“十五”期间育成品种累计推广面积达到30万亩以上，“十一五”期间育成的新品种累计推广面积在5万亩以上。
课题2果树新品种选育。
研究目标：重点开展果树特异基因发掘、分子标记辅助育种、多倍体育种等生物技术育种方法研究，创制突破性育种新质源。研究获得具有改良品质的特异性状基因型育种新材料3—4份，其中2—3份材料应用于育种并取得较好成效；研制育种新理论、新方法、新技术3—4项；申报专利2—3项。
选育出新品种15—17个。其中，柑桔新品种3—4个、梨新品种2个、枇杷新品种1—2个、彩色猕猴桃新品种2个、芒果新品种2个、欧洲甜樱桃新品种2个、桃新品种2个及专用砧木新品种1个。申报品种权保护5个。研究完成新品种配套栽培新技术，实现新品种更新换代产业化开发。“十一五”期间示范推广9万亩以上。
技术经济指标：
高糖/低酸型柑桔新品种固/酸比12、糖/酸比10以上，品质佳。晚熟柑桔新品种固/酸比11.5、糖/酸比9以上，品质佳，成熟期2—5月。
特早熟梨新品种，成熟期早于或相当于翠冠，单果重180克以上，TSS12以上，含酸量低于0.15，抗病性与适应性优于丰水。
少核枇杷新品种，成熟期比解放钟或红灯笼晚5天以上，平均单果重50克以上，单果平均种子数2—3粒，果实可食率75以上，品质佳。
桃新品种成熟期与北京27相当，单果重120克以上，TSS11.5以上，需冷量500小时左右，适栽区域能扩展到川中和川南地区栽培。砧木新品种抗黄化、能重茬、适应性广、抗逆性强，适合省内桃主栽品种和主要产区生产应用。研究提出新品种配套栽培新技术或规程。
彩色猕猴桃新品种要求TSS18以上，维生素C100mg/100g以上，单果重80g以上，品质佳。
芒果新品种，TSS15以上，品质佳，适宜攀西优势生态区推广，同国内南方主产区相比有明显市场竞争优势。
甜樱桃新品种，单果重8克以上，TSS13以上，含酸量低于0.8，果实可食率90以上，综合品质佳。
课题3茶树新品种选育。
研究目标：开展茶树突破性新品种引进和选育及配套栽培关键技术研究，选育出具有自主知识产权的茶树特异性新品种3—5个并在我省大面积推广，使我省茶树良种化程度从目前的40提高到“十一五”末的55，茶园单产提高10以上，茶园亩产值增加500—1000元/亩，开发的名优茶产品均价提高10—20，卫生质量达到国家QS标准。
主要技术经济指标：
优质扁形与毛峰型名优绿茶品种：通过省级品种登记或审定品种1—2个，要求氨基酸含量达到4.2以上，抗性及感官品质优于福鼎大白茶，发芽期比福鼎大白茶早萌15天左右。
加工用茶叶品种：1—2个，要求茶多酚含量达到38以上的高多酚品系，咖啡碱含量达5以上的高咖啡碱品系和咖啡碱含量低于1的低咖啡碱品系。用其开发的名优茶均价较当前常规品种名优茶产品提高20—30。
选育出低氟茶树新品种1—2个，其氟含量低于当前我省主栽品种10—20。
形成茶树新品种无公害、清洁化、标准化的生产关键技术1—2套，示范良种茶园面积5000—10000亩，应用推广面积15—20万亩。
课题4花卉新品种选育。
研究目标：充分利用四川兰花、高山杜鹃、桂花、梅花、天彭牡丹等花卉资源优势，选育花期较长、花色丰富、花型各异、花香浓郁、抗性良好、观赏性强的花卉新品种。引进并选育一批适合我省发展的多色彩、多形态、多用途的城市园林花卉品种和高档盆花品种，开发规模化种苗繁育和产业化配套栽培新技术。收集地方特色花卉种质资源320个，建立特色名贵花卉品种资源圃或种子基因库。构建花卉资源评价利用体系。改良或育成新品种12—20个，示范推广面积6200亩。
主要技术经济指标：
兰花：选育春剑、大花惠兰和名优国兰新品种3—5个，收集种质资源50个。开发并转化组培快繁产业化技术，实现商品化、产业化，形成年产2—5万苗的技术和生产能力，商品化率达95以上。
高山杜鹃：收集杜鹃种质资源20个、改良新品种1个、筛选出适宜发展品种3—5个。建立高山杜鹃的组培快繁体系，形成年产1万苗的技术和生产能力。形成成熟的商品化生产技术，缩短营养生长时间20—30。示范推广200亩。
梅花：收集种质资源200个，选育盆栽及观赏类梅花新品种各1—2个，获国际登录权品种1个、申请保护1个。建立梅花商品化快繁体系，形成年产优质种苗3万苗、盆花5000盆的技术和生产能力，缩短梅花成型时间20—50。实现盆栽梅花周年生产，增加梅花景区旅游旺季时间1个月以上。建立品种资源圃100亩，示范推广3000亩。
桂花：收集种质资源50个，改良盆栽、观赏、加工品种各1—2个，申请保护1—2个，获得桂花抗污染新材料1个。配套研究操作性强、易推广的产业化生产技术，形成年产优质种苗20万株的技术和生产能力，示范推广3000亩。
天彭牡丹：选育适栽性强的新品种2—3个，建立无性繁殖圃10亩，建立产业化示范基地1000亩。
课题5林竹新品种选育。
研究目标：育出适合四川低海拔地区栽培的优良林木（包括竹类）新品种2个和适合高海拔地区栽培的优良乡土树种1个，或获得几个重要的林木育种新材料4—6个；育出品质好、抗性强的核桃新品种1个；通过试验研究，筛选出已引种成功的优良树种的配套栽培技术2套，促进林竹新品种的大面积推广。
主要技术经济指标：
低海拔地区速生工业用材树种引种及选育。桉、杨、桤木优良无性系选育：选育优良无性系3—5个，其材积年平均生长量达每亩1.5m3以上；培育杂交品系2—3个，建立无性繁殖圃1亩，营造优良无性系示范林600亩。
川西高海拔地区优良乡土树种杨树、桦木选育。在川西地区广泛开展桦木资源调查，选出优良桦木无性系3—5个；对“十五”期间选出的2株优良杨树无性系和5株天然繁殖种子后代进行分子学研究，建立基因图谱；通过组织培养培育出优良无性系和天然繁殖种子后代，推广面积2000亩以上。
速生优质工业用竹的引种、选育及配套栽培技术研究。完成优良工业用竹、笋用竹品种收集20个，选育新品种2—4个；针对“十五”已育种新品种，总结丰产栽培技术2套；建立资源圃20亩。
优良经济林木育种及配套栽培技术研究。从麻风树、乡土核桃、板栗资源选育出优良品种4—6个，并提出相应的配套技术。
课题6优质饲草新品种选育及配套技术研究。
研究目标：系统研究和评价优良饲草种质资源，筛选、创新出优异新种质。引进、选育出适合四川主要生态区的优质饲草新品种4—5个；针对新品种研究出优质高产高效配套技术，建立新品种繁殖和示范基地15万亩，与企业紧密结合，加快新品种推广应用，为农业结构调整、农牧民增收和社会主义新农村建设提供强有力的技术支撑。
主要技术经济指标：
收集保存国内外鸭茅、牛鞭草、老芒麦等主要饲草种质资源800—1000份，进行农艺性状和饲用价值评价，应用分子标记揭示遗传多样性，通过综合评价筛选特异优良基因资源20—30份，利用远缘杂交等创新种质资源5—8份。
引进、选育出适宜农区和川西北牧区的优质高产饲草新品种4—5个；新品种产草量比对照增产10以上，品质与对照相当；或产草量与对照相当，品质显著优于对照。
建成15万亩以上优质高产饲草基地，其中暖季型饲草6万亩，亩产2吨干物质以上，冷季型饲草9万亩，亩产1吨干物质以上。示范推广50万亩，研制出优质高产高效人工草地建植管理技术2—3套。
课题7川产道地药材新品种选育。
研究目标：收集整理特色种质资源并进行创新利用，选育适合四川主产区种植的优质、高产、抗逆性强的突破性新品种（或组合）8—10个，建立低成本规范化栽培技术体系。注重产业和市场结合，提高我省中药产业在国内外的核心竞争力。
主要技术经济指标：
针对川芎、附子、川麦冬、川白芷、川郁金、川红花，每种药材培育1—2个新品种（系），创造1—2个新材料。新品种要求通过省级审定，田间植物学性状表现稳定一致，与对照品种（大面积生产用种）比较，综合性状优，产量比对照增产10以上；或内在质量（药用有效成份以品质检测报告为准）、抗逆性等多项性状表现突出，产量达到或超过对照品种。新品系要求通过多点试验。新材料要求一项或多项经济指标特别突出，或与对照品种比产量超过15以上、或药用有效成份超过18以上、或表现明显的抗病或抗虫能力，通过省级鉴定。
针对新品种特性研究形成优质高产栽培技术、病虫综合防治技术和采收及产地加工技术，建立低成本栽培技术规范。
特色种质资源收集整理与创新利用。要求建立资源圃，收集、整理与创新利用种质资源或特色基因资源80种以上，创造新材料2—3个，要求经济指标特别突出，遗传特性稳定，在培育新品种方面有较高的利用价值。
课题8蚕桑新品种选育。
研究目标：育成新品种3—5个（对），通过省级审定；创制新材料6个；新技术2项，通过省级鉴定1项；区试鉴定新蚕品种8个，引进新品种2个。
技术经济指标：
创新种质资源10—20个，具有生物学性状或经济性状的突出点；春用蚕品种：万蚕产丝量较对照种提高5，解舒丝长1000米以上（或超过对照种），鲜茧出丝率20，净度94分以上；夏秋用蚕品种：万蚕产茧量比对照种提高5，解舒丝长800米以上（或超过对照种），鲜茧出丝率18，净度94分以上；春秋兼用蚕品种：万蚕产丝量较对照种提高5，解舒丝长900米以上（或超过对照种），鲜茧出丝率19，净度94分以上；特殊用途蚕品种：具有生物学的某一项特殊性状，其主要技术经济指标达到或超过对照种。研究小蚕精细饲养、大蚕省力饲养新技术，其结茧率提高5，产茧量提高10。研究优质蚕种生产新技术2项，获专利授权1项以上，新技术在中试和大面积生产上节省劳动力30以上。
新桑品种：亩桑产叶量比对照种湖桑32号高10以上，万蚕茧层量、五龄担桑产茧量比对照种提高5，桑细菌性黑枯病发病率在5以下。
果桑品种：亩桑产果量1000公斤以上，总糖含量3左右，亩桑产叶量1000公斤，万蚕茧层量4.3公斤，五龄担桑产茧量7.0公斤。
课题9专用棉麻新品种选育研究。
研究目标：加强转基因抗虫抗病优质高产棉花和苎麻的新品种选育，加强具有不育性/品质/抗虫性/抗病性等特色性状的育种新材料创造，加强杂种生产新方法的研制。“十五”育成棉花品种在省内外推广900万亩以上，“十一五”育成棉花品种在省内外推广100万亩。
主要技术经济指标：
培育转基因抗虫（红铃虫、棉铃虫、棉蚜、红蜘蛛等）、抗病（枯、黄萎病，烂铃病等）、优质的骨干核不育系和育种新材料4份，通过省级鉴定。抗病材料的指标：高抗枯萎病、抗黄萎病，抗烂铃病。抗虫材料的指标：在高抗红铃虫、抗棉
