培育通过省级审定的转基因抗虫、抗病、优质、高产的棉花杂种/品种4个。抗虫性指标：抗红铃虫、抗棉铃虫，或及抗棉蚜、红蜘蛛。抗病性指标：抗枯萎病，抗或耐黄萎病。品质和产量指标：达到国家A级品质标准的品种（杂种），皮棉单产为对照的100—103（前一数字为常规品种的产量指标，后一数字为杂种组合的产量指标，下同）；达B级品质标准的品种（杂种），皮棉单产为对照的105—108；品质为C级的品种（杂种），皮棉单产为对照的108—115。培育通过省级鉴定（或认定、审定）的优质专用高强力白棉和彩色棉品系/组合2个。比强度达33.6—36.4cN/tex的高强力品系/组合，其他指标达B级，单产为对照的95—100，抗枯耐黄抗虫；比强度达36.4—39.2cN/tex的高强力品系/组合，其他指标达B级，单产达到对照的85，抗枯耐黄；长绒品系/组合，长度31—35mm，比强度37.8—39.2cN/tex，抗枯耐黄，产量达到对照的70；棕色棉品系/组合，麦克隆值4.1—4.8，比强度25.2—29.4cN/tex，跨长27—30mm，抗耐枯黄萎病或及抗虫，产量达到白棉对照70—80；绿色品系/组合，麦克隆值2.8—3.8，比强度23.8—28.0cN/tex，2.5跨长28—30mm，抗耐枯黄萎病或及抗虫，产量达到白棉对照的50—60。对育成通过审定的棉花新品种（组合）进行配套栽培技术研究，建立最适宜的高产栽培技术，充分发挥其增产潜力。
育成经省级审定/认定的苎麻新品种（杂种）2个。其中优质高产雄性不育杂交品种原麻比“川苎4号”增产15以上，纤维细度1900m/g左右，抗花叶病和炭疽病；优质高产多抗苎麻新品种原麻产量比“川苎4号”增产10以上，纤维细度达到1900m/g以上，高抗苎麻花叶病毒病，中抗苎麻炭疽病。育成特高支高产苎麻新品系2个，通过省级试验鉴定，原麻产量与“川苎6号”相当，纤维细度稳定在2200m/g以上；或原麻产量为“川苎6号”80，纤维细度稳定在2300m/g，抗苎麻花叶病毒病。育成饲料专用苎麻新品系2个，通过省级试验鉴定，生物鲜产较苎麻对照（川苎6号）增产15以上，主要营养成分含量丰富，粗蛋白质含量高于18。选育产量高、品质好、育性稳定的优良苎麻不育系1份，细度1800m/g以上，通过省级鉴定。
四、畜禽水产方面课题
根据我省畜牧、水产业发展及种养殖业结构调整的需求，选择“猪配套系选育”等8个重点课题，重点开展源头创新（新材料、新方法、新技术）及新品种培育、良种扩繁和产业化配套技术研究。
课题1猪配套系选育。
研究目标：以优良地方猪种资源和现有的外种猪资源为育种素材，形成1套以杂交育种为基础，结合分子育种技术的专门化品系培育技术。培育出适宜加工外销的高瘦肉率猪配套系1个和适宜鲜销的优质风味猪配套系1个。提出高瘦肉率猪适度规模养殖标准化生产技术和优质风味猪配套生产技术各1套。
主要技术经济指标：
高瘦肉率猪配套系：培育高瘦肉率猪专门化品系3—4个，采用三系或四系配套生产商品杂优猪，原种猪规模300—400头。商品杂优猪：胴体瘦肉率大于65，饲料效率2.4，达100千克日龄160天，肉质良好。
优质风味猪配套系：培育优质风味猪专门化品系4个，采用四系配套生产优质风味商品肉猪，满足市场对优质风味特色肉的需求。育种核心群规模200头。商品杂优猪：外观被毛黑色，达90千克体重日龄210天，瘦肉率55—58，饲料效率3.2，PH值6.2，肌肉粗脂肪3，肉质优良。
采取边研究边推广的方式，与省内大型种猪企业联合，在我省50个生猪标准化基地示范推广优质猪配套系种猪6万头，其中：高瘦肉率猪配套系种猪5万头，优质风味猪配套系种猪1万头。
课题2羊新品系选育。
研究目标：培育出3—4个影响重大、综合性状优良、有自主知识产权的突破性优质肉山羊新品系，提出成套肉山羊舍饲养殖技术。选育1—2个具有适合生产肥羔并具备高品质羊毛生产，同时满足市场需求和在国内具有一定竞争力、综合性状优良的肉毛兼用型绵羊新品系，使我省绵羊良种覆盖率提高8—10个百分点。
主要技术经济指标：
快长型黄羊新品系：以早期生长快为主要特点，核心群2000只，品系类群20000只，6月龄公羊体重32千克，母羊28千克，经产母羊产羔率220。
肥羔型黑山羊新品系：体型小、肉质优良、繁殖率高、前期生长发育快，以专门化羔羊肉生产为特点。核心群2000只，品系类群50000只，周岁公羊体重25千克，周岁母羊20千克，核心群经产母羊平均年产胎1.7胎，经产母羊产羔率200，初产母羊产羔率150，羔羊成活率90。周岁阉羊胴体重14千克，屠宰率50；6月龄阉羊胴体重12千克，屠宰率48。
大型黑山羊新品系：完成新品种种群培育，培育特、一级种羊500只，等级羊2000只，基础群母羊1000只，品种群羊达到3000只。周岁公羊体重45千克，周岁母羊36千克，成年公羊85千克，成年母羊55千克，核心群经产母羊平均年产胎1.7胎，经产母羊产羔率220，初产母羊产羔率170，羔羊成活率92。周岁阉羊胴体重20千克，屠宰率50；6月龄阉羊胴体重15千克，屠宰率48。
肉毛兼用型绵羊新品系：完成1—2个适合肥羔和高品质毛生产的专门化新品系。同时使符合要求的基础群数量分别达到800和1000只以上。培育新品系羔羊4月龄公母羔羊断奶平均体重分别达到25（培育品种母本）和20千克（本地母本），日增重相应达到200和150克。培育新品系肥羔6—8月龄平均体重分别达到40（培育品种母本）和30千克（本地母本），日增重相应达到250和200克。平均屠宰率50以上。达到理想羔羊胴体重18千克的国际标准，脂肪量不超过25，GR指标小于8㎝（测定胴体12—13肋骨间距背脊中线11厘米处胴体表面到肋骨间的脂肪厚度）。以凉山半细毛羊为母本（系）培育的高品质毛生产的专门化新品系应保持羊毛细度在48—58支范围内的个体超过85以上；平均羊毛长度12cm以上的个体占80；平均净毛率达到65。
课题3兔配套系（新品系）选育。
研究目标：培育出拥有自主知识产权的肉兔配套系，主要生产性能指标达到国内领先水平。培育出遗传性稳定、适应性好、抗病性强、毛皮质量好、生长速度快的獭兔新品系。研究提出成套肉兔、獭兔健康养殖与疫病防治技术。
主要技术经济指标：
肉兔配套系：母系：适应力强，90日龄体重2.1千克，成年体重4.0千克；情期受胎率达85，胎产仔7.5只或年产仔50只。父系：早期生长快，90日龄体重2.5千克，成年体重达5.0千克。商品兔：上市日龄缩短到84天，体重达2.5千克，饲料报酬率3.2∶1，断奶成活率达90，育肥期末成活率85，屠宰率53。“十一五”期间配套系各品系在肉兔主产区推广面达50以上。
獭兔新品系：幼兔成活率达90以上，成年公兔体重3.5千克，母兔3.3千兔，绒毛长度1.8厘米，细度16m，密度23000根/c㎡，抢毛率5以下，背与体侧、体侧与腹部被毛较一致、平整，脚掌毛着生好。推广新品系兔3万只，建立良种扩繁场20个，改良面达80，出栏优质商品獭兔500万只，开展皮肉加工，新增社会总产值3亿元，社会收益1亿元以上。
课题4牛新品系选育。
研究目标：培育出肉乳兼用牛和乳肉兼用牛新品系2个，牦牛新品系1个。探索分子生物学技术与数量遗传学技术相结合的育种方法；开展性能测定，建立多性状综合选择指数方法；建立生长速度、肉质及产奶量等性状的分子标记辅助选择。
主要技术经济指标：
肉乳兼用牛新品系：核心群500头，基础群5000头，种公牛50头以上，成年母牛体重450千克，公牛700千克；20月龄肥育体重500千克，育肥期平均日增重1300克；屠宰率58—60，净肉率49，优质肉率40；产奶量2500—3000千克。
乳肉兼用牛新品系：基础群5000头，种公牛50头以上，群体平均产奶量3800千克，乳脂率4.0，其中核心群1000头，平均产奶量4200千克，乳脂率4.0；成年母牛体重480千克，公牛750千克；20月龄肥育体重500千克，屠宰率57，净肉率47。
牦牛新品系：基础群4000头，其中核心群600头，种公牛50头以上，群体平均产奶量280千克，乳脂率6.0，成年母牛体重260千克，公牛300千克；屠宰率50，净肉率38。
研究提出兼用牛、牦牛新品系健康养殖配套技术各1套，建立牛育种与改良技术新体系。建立产业化优质高效养殖示范基地6—8个。形成年存栏兼用牛新品系50000头、牦牛10000头，年产奶量10万吨，牛肉10000吨的生产规模；推广新品系牛冻精30万份，年新增社会产值20亿元。
课题5肉鸡配套系选育。
研究目标：以四川地方鸡种资源为素材，采用分子生物学与数量遗传学技术相结合的手段，在“十五”育成的优质肉鸡新品系基础上开展优质性状的定量化，优质性状的QTL定位与分子标记辅助选择，优质性状基因的纯合与遗传稳定，优质与生产效率的遗传结合等研究，育成突出肉质风味性状的优质肉鸡配套系2—3个。
研究提出优质肉鸡产业链中的安全生产技术，研究适用于四川生产条件的优质肉鸡种鸡及商品鸡的标准化饲养管理技术，在四川省乃至中国西部创建安全、优质、高效的优质肉鸡新产业。
主要技术经济指标：
优质肉鸡父母代：开产周龄23周；开产体重：父系2100克，母系1850克；育成期成活率90以上；68周龄入舍母鸡产种蛋185枚；产蛋期死淘率6以下；受精率91；入孵蛋孵化率80以上。
优质肉鸡商品代：生长性状：优质I型：90日龄公鸡体重2000克，母鸡1500克。90日龄公鸡料肉比2.5∶1，母鸡2.90∶1。优质II型：70日龄公鸡体重1900克，母鸡1500克。70日龄公鸡料肉比2.45∶1，母鸡2.70∶1。外观性状：羽毛、喙色、胫色、肤色、体形外貌特征一致。肉质性状：肉质鲜嫩、色泽好，肌纤维细、肌内脂肪沉积良好，观感和风味优良，可加工能力强。
年提供父母代鸡苗150万套，推广优质肉鸡1.5亿只以上，产值30亿元，农户获利3亿元，饲养父母代种鸡获利1500万元，每年创造社会效益3.15亿元。
课题6水禽配套系选育。
研究目标：培育出肉鹅新品系2—3个，形成配套系1—2个，制订肉鹅优质安全生产技术规程和标准1—2套，建立肉鹅产业化优质高效养殖示范区3—4个，建立并示范优质鹅健康养殖技术体系。培育出胴体脂肪较低的肉鸭新品系2—3个，组装成有自主知识产权的瘦肉型肉鸭配套系1—2个及其产业化示范体系。
主要技术经济指标：
肉鹅配套系：培育出优质、高产、抗逆性强的肉鹅新品系2—3个，形成肉鹅配套系1—2个。配套系种鹅产蛋量达100—110个，蛋重140—141克，受精率88—90；商品肉鹅56日龄活重3.25—3.5公斤，70日龄活重4—4.3公斤。制订肉鹅优质安全生产技术规程和标准1—2套，建立肉鹅产业化优质高效养殖示范区3—4个，商品肉鹅
